El descontento de los pueblos mixtecos por trescientos años de colonización encontró el momento para manifestarse con mucha fuerza aquel15 de septiembre de 1810, cuando el cura y Costilla llamó a todos los pueblos de la Nueva
Miguel Hidalgo España a luchar para independizarse de la corona española. Muchos pueblos indígenas lo siguieron, porque a pesar de ser criollo pensaba como ellos, o al menos eso se decía: que la esclavitud debía desaparecer, que las tierras debían ser devueltas a sus legítimos dueños, los pueblos indígenas; que éstos debían gobernarse por sí mismos, entre otras propuestas. Los habitantes de numerosos pueblos se unieron a su grupo y lucharon juntos porque creían que esta vez sí se les iba a tomar en cuenta.
No solo fue el llamamiento del cura lo que animó a involucrarse en la guerra. Cada uno de los pueblos mixtecos tenía agravios que cobrar contra los colonizadores y vieron que era la oportunidad de hacerlo. Entre éstos se encontraban los despojos de tierras, sobre todo por la Mixteca costeña y de la montaña, donde los españoles habían construido algunas haciendas; pero lo que más les afectaba era el uso del trabajo indígena para beneficio de los españoles, el uso de sus tierras para el pastoreo de su ganado y los intentos de administración de sus cajas de comunidad. Todos estos agravios se reforzaron con las medidas que la corona española introdujo en la administración a finales del siglo XVIII, con lo cual el descontento entre los pueblos aumentó. Hubo algunas rebeliones que fueron sofocadas, pero la llama del descontento volvió a prenderse con el grito de Dolores.
Desgraciadamente se equivocaron. Los españoles criollos dirigieron el movimiento insurgente y lo manejaron según sus intereses, y cuando les convino hicieron pactos entre ellos y el enemigo para proclamar el fin de la lucha sin tomarlos en cuenta. En ese sentido, la Guerra de Independencia no significó lo mismo para los pueblos mixtecos que para sus caudillos, pues aquéllos buscaban cambiar la situación de injusticia en que vivían y éstos sólo querían desplazar del poder a los españoles peninsulares. Por eso la participación de los mixtecos en la guerra fue defendiendo intereses locales, muchos se unieron a las tropas de los criollos o peninsulares, según el bando que creían los podían favorecer, para alcanzar sus propios objetivos.